የኮርፖሬት አስተዳደር ማለት የአንድ ድርጅት የአደረጃጀትና የአሰራር ሥርዓት የሚመራበት እና የሚቆጣጠርበት ስልት ነው። ኢነአድ በዋናነት በሥራ አመራር ቦርድ የሚመራ ሲሆን፣ ስትራቴጂያዊ ውሳኔዎችን በማሳለፍ፣ ውጤትን በመገምገምና ስትራቴጂክ አቅጣጫዎችን በመስጠት ረገድ ጠንካራ የተጠያቂነት ሥርዓት አለው፡፡

የሥራ አመራር ቦርዱ በሦስት ንዑሳን ኮሚቴዎች ተዋቅሯል፡፡ እነሱም፡-

1. የጅቡቲና ሌሎች አጎራቤት አገራት የነዳጅ ተርሚናል ግንባታና የሎጂስቲክስ አገልግሎት ንኡስ ኮሚቴ፣
2. የፋይናንስ አስተዳደር ውጤታማነት ክትትል ንዑስ ኮሚቴ እና
3. የፕሮጀክት አፈፃፀም ንዑሳን ኮሚቴዎች ተዋቅረዋል፡፡

የኢነአድ የበላይ አመራሩ በድርጅቱ ስትራቴጂክ ዕቅድ በመመራት የዕቅድ አፈፃፀም ውጤትን የሚገመግምበት ሥርዓት አለው፡፡ የውስጥ ቁጥጥር ሥርዓት ውጤታማ መሆናቸውን ያረጋግጣል፡፡ ለባለድርሻ አካላትና ለሌሎች ተቋማት መረጃ ይሰጣል፡፡